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Accueil » Articles et actualités » Valorisation des collections du Museum National d’Histoire Naturelle
Le projet e-col+, porté par le Muséum National d’Histoire Naturel, à pour but de valoriser les collections naturalistes française par leur numérisation. En structurant les filières de numérisation 3D et en développant des outils d’intelligence artificielles, le projet permet aux chercheurs d’exploiter et d’enrichir ces ressources.
NOVITOM a été choisi pour les prestations externalisées en microtomographie. Les scans en haute définition d’une collection entomologique on été effectués au synchrotron de Grenoble ESRF, sur les instruments BM05 et BM18.
La particularité de ce projet réside dans le grand nombre de spécimens à scanner, ainsi que dans leur fragilité.
NOVITOM a créé un protocole d’analyse spécifique des données microtomographiques. Après la réception des échantillons, la première étape s’attache à planifier et réaliser l’acquisition des données en microtomographie synchrotron, ainsi que la reconstruction de ces données.
Une architecture 3D U-Net est entraînée pour segmenter les données annotées générées avec le logiciel de labellisation manuelle de NOVITOM. Ensuite, un maillage est créé. Pour cela, on applique aux données segmentées une dilatation afin de combler les petits espaces, puis on convertit le volume dilaté en maillage 3D et enfin la complexité du maillage est réduite tout en conservant sa forme globale. Ce rendu final léger permet de pouvoir diffuser les résultats ainsi obtenus facilement.
Le protocole d’analyse de données à été présenté lors de la conférence internationale Technart2025 qui a eu lieux à Perugia (Italie).
Le projet « e-COL+ Valorisation des données naturalistes » a bénéficié d’une aide de l’État gérée par l’ANR, the French National Research Agency au titre du Programme d’Investissements d’Avenir ANR-21-ESRE-0053 PIA3
Quels sont les atouts de la microtomographie par rayons X synchrotron ?
++ Mesures non invasives
La microtomographie synchrotron révèle les microstructures d’objets délicats sans les dégrader.
++ Analyses systématiques et personnalisées des volumes de microtomographie
Les données de microtomographie sont analysés par nos experts à l’aide d’algorithmes et méthodologies dévelopées en interne. Les microstructures d’intérêt sont isolées, on parle de segmentation, des calculs et mesures sont ensuite réalisées: volumes, surfaces, dénombrement, morphologies, épaisseurs, orientations.
En tant que laboratoire indépendant, Novitom permet aux organisation de tout type d’accéder à la micro et nano-tomographie synchrotron.
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Bravo à Clémence Iacconi dont les travaux de thèse…
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